Brīvmūrnieku darbības pamats ir loža. Tā ir garīgā darba centrs, satikšanās vieta un īpašs apziņas stāvoklis. Lai darbs būtu sekmīgs, ir nepieciešama atklāta, godīga un izpalīdzīga saskarsme. Lai apzīmētu savu ciešo vienotību un savstarpējo uzticību, brīvmūrnieki sauc sevi par brāļiem. Ložas saviesīgajā dzīvē piedalās arī brīvmūrnieku sievas un ģimenes. Neraugoties uz to, tradicionāli brīvmūrniecība ir vīriešu vienotne. Šeit nav pretrunu ar vīriešu un sieviešu vienlīdzības ideju, jo arī biedrības, kas apvieno tikai vīriešus vai tikai sievietes, ir likumīgas un saprātīgas cilvēku sabiedrības pastāvēšanas formas.
Latvijas lielložā ietilpst Latvijas Republikas teritorijā esošās Jāņa ložas, un tā organizē brīvmūrniecības darbu Latvijas teritorijā un koordinēšanu starp ložām, kā arī kārto attiecības ar ārvalstu lielložām.
Latvijas lielložas darbu organizē un vada vēlētas amatpersonas lielamatvīri, kas pārstāv Latvijas lielložu un augstākajā līmenī pārstāv arī visu Latvijas brīvmūrniecību. Latvijas lielložas uzbūve ir līdzīga kā citām ārvalstu lielložām, un būtiskākie amati ir līdzīgi: Lielmeistars, Lielmeistara vietnieks, Lielsekretārs, Lielorators, Lielceremonijmeistars, Lielmantzinis u.c.
Lielložas sastāvā šobrīd ietilpst vienpadsmit Jāņa ložas:
1) Jāņuguns dibināta 1924. gadā, atjaunota 1993. gadā;
2) Ziemeļzvaigzne dibināta 1750. gadā, atjaunota 2002. gadā;
3) Pie Zobena dibināta 1750. gadā, atjaunota 2002. gadā;
4) Apollo dibināta 1773. gadā, atjaunota 2006. gadā;
5) Enkurs dibināta 1921. gadā, atjaunota 2009. gadā;
6) Hanzas uzticība - dibināta 1917.gadā, atjaunota 2014.gadā;
7) Mazā pasaule dibināta 1790.gadā, atjaunota 2014.gadā;
8) "Castor" - dibināta 1777. gadā, atjaunota 2017. gadā;
9) "Pie trim kronētiem zobeniem" - dibināta 1775. gadā, atjaunota 2020.gadā;
10) "Gaujas Gaisma" - dibināta 2020.gadā;
11) "Pie trim Latvijas zvaigznēm" - dibināta 2020.gadā.
Ložas strādā atšķirīgos rituālos: Jāņuguns, Ziemeļzvaigzne, Hanzas uzticība un "Gaujas Gaisma" atbilstoši regulārās darbības atjaunotnes tradīcijām strādā saskaņā ar vācu AF&AM rituālu, ložas Pie Zobena, "Castor" un "Pie trim kronētiem zobeniem" strādā ar Cinnendorfa rituālu, Apollo strādā pēc Emulācijas rituāla, bet ložas Enkurs, Mazā pasaule un "Pie trim Latvijas zvaigznēm" pēc Feslera rituāla.
Tāpat Latvijā darbojas 2020. gadā dibināta pētniecības loža - "Academia Petrina" ("Pētera Akadēmija").
Visas Jāņa ložas Latvijas teritorijā strādā latviešu valodā, izņemot ložu Apollo, kura strādā angļu valodā. Šajā ložā galvenokārt darbojas ārzemnieki, kuri uzturas Latvijā un vēlas saglabāt saikni ar brīvmūrniecību, kamēr atrodas šeit.